cfpdБюллетень физиологии и патологии дыханияBulletin Physiology and Pathology of Respiration1998-5029Дальневосточный научный центр физиологии и патологии дыхания10.36604/1998-5029-2025-98-40-49cfpd-1291Research ArticleОРИГИНАЛЬНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯORIGINAL RESEARCHВирусные патогены в аутопсийном материале больных пневмонией с летальным исходом болезни в г. Хабаровске в 2023 годуViral pathogens in autopsy material from patients with fatal pneumonia in Khabarovsk in 2023БондаренкоА. П.BondarenkoA. P.

Альбина Павловна Бондаренко, канд. мед. наук, ведущий научный сотрудник, зав. лабораторией бактериальных инфекций

680610, г. Хабаровск, ул. Шевченко, 2

Albina P. Bondarenko, MD, PhD (Med.), Leading Staff Scientist, Head of Laboratory of Bacterial Infections

2 Shevchenko Str., Khabarovsk, 680000

baclab_hniiem@bk.ruТроценкоО. Е.TrotsenkoO. E.

Ольга Евгеньевна Троценко, д-р мед. наук, директор

680610, г. Хабаровск, ул. Шевченко, 2

Olga E. Trotsenko, MD, PhD, DSc (Med.), Director

2 Shevchenko Str., Khabarovsk, 680000

adm@hniiem.ruКовальскийА. Г.KovalskyA. G.

Андрей Григорьевич Ковальский, директор

680031, г. Хабаровск, Санитарный пер., 7

Andrey G. Kovalsky, Director

7 Sanitarnyy lane, Khabarovsk, 680031

chum@chum.khv.ruДоброваС. А.DobrovaS. A.

Светлана Анатольевна Доброва, зав. бактериологической лабораторией

680031, г. Хабаровск, Санитарный пер., 7

Svetlana A. Dobrova, Head of Bacteriological Laboratory

7 Sanitarnyy lane, Khabarovsk, 680031

chum@chum.khv.ruРезникВ. И.ReznikV. I.

Вадим Израилевич Резник, канд. мед. наук, врач-вирусолог вирусологической лаборатории; ведущий научный сотрудник

680610, г. Хабаровск, ул. Шевченко, 2

680031, г. Хабаровск, Санитарный пер., 7

Vadim I. Reznik, MD, PhD (Med.), Virologist of Virology Laboratory, Center for Hygiene and Epidemiology in Khabarovsk Region; Leading Staff Scientist

2 Shevchenko Str., Khabarovsk, 680000

7 Sanitarnyy lane, Khabarovsk, 680031

fbuz@mail.ruОгиенкоО. Н.OgienkoO. N.

Ольга Николаевна Огиенко, младший научный сотрудник лаборатории бактериальных инфекций

680610, г. Хабаровск, ул. Шевченко, 2

Olga N. Ogienko, Junior Staff Scientist, Laboratory of Bacterial Infections

2 Shevchenko Str., Khabarovsk, 680000

baclab_hniiem@bk.ruГолубеваА. О.GolubevaA. O.

Александра Олеговна Голубева, младший научный сотрудник лаборатории бактериальных инфекций

680610, г. Хабаровск, ул. Шевченко, 2

Aleksandra O. Golubeva, Junior Staff Scientist, Laboratory of Bacterial Infections

Shevchenko Str., Khabarovsk, 680000

baclab_hniiem@bk.ruФедеральное бюджетное учреждение науки «Хабаровский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии» Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человекаFederal Budgetary Institution of Science "Khabarovsk Scientific Research Institute of Epidemiology and Microbiology" of the Federal Service for Supervision of Consumer Rights Protection and Human Well-beingФедеральное казенное учреждение здравоохранения «Хабаровская противочумная станция» Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человекаFederal State Healthcare Institution "Khabarovsk Plague Control Station" of the Federal Service for Supervision of Consumer Rights Protection and Human Well-beingФедеральное бюджетное учреждение науки «Хабаровский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии» Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека; Федеральное казенное учреждение здравоохранения «Хабаровская противочумная станция» Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человекаFederal Budgetary Institution of Science "Khabarovsk Scientific Research Institute of Epidemiology and Microbiology" of the Federal Service for Supervision of Consumer Rights Protection and Human Well-being; Federal State Healthcare Institution "Khabarovsk Plague Control Station" of the Federal Service for Supervision of Consumer Rights Protection and Human Well-being2025231220250984049Copyright © Бондаренко А.П., Троценко О.Е., Ковальский А.Г., Доброва С.А., Резник В.И., Огиенко О.Н., Голубева А.О., 20252025Бондаренко А.П., Троценко О.Е., Ковальский А.Г., Доброва С.А., Резник В.И., Огиенко О.Н., Голубева А.О.Bondarenko A.P., Trotsenko O.E., Kovalsky A.G., Dobrova S.A., Reznik V.I., Ogienko O.N., Golubeva A.O.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://cfpd.elpub.ru/jour/article/view/1291

Вирусные патогены в аутопсийном материале больных пневмонией с летальным исходом болезни в г. Хабаровске в 2023 годуВведение. В последние годы отмечен рост доли вирусных патогенов в этиологии внебольничных пневмоний. Выявление возбудителя в посмертном (аутопсийном) материале может дать более точную этиологическую причину фатальных пневмоний.Цель исследования: анализ видового разнообразия вирусных патогенов, выделенных у больных с летальным исходом внебольничной пневмонии, в сравнении с результатами вирусологического исследования респираторных образцов у лиц с благоприятным исходом болезни.Материалы и методы. Предметом анализа послужили протоколы вирусологического исследования аутопсийного материала (ткань лёгкого) от 140 человек, умерших от пневмонии в г. Хабаровске в 2023 г. Группу сравнения составили данные вирусологического обследования пациентов с клиникой внебольничной пневмонии с благоприятным исходом болезни, при котором выделено 1136 ДНК и РНК вирусных агентов. Поиск был направлен на выявление ДНК-РНК 11 респираторных вирусных патогенов и четырёх вирусов – возбудителей оппортунистических заболеваний. Исследование проведено методом полимеразной цепной реакции с использованием реагентов отечественных производителей.Результаты. ДНК-РНК респираторных вирусов (10 наименований) были выявлены в аутопсийном материале с частотой 46,43%. ДНК вирусов – возбудителей оппортунистических заболеваний (четырёх наименований) – с частотой 27,14%. В структуре вирусных патогенов, выделенных из аутопсийного материала, преобладали вирусы SARS-CоV-2 – 33,85% и вирус гриппа A(H1N1) – 15,38%. В спектре вирусов, выделенных из клинических образцов, преобладали риновирусы (25,6%), аденовирусы (13,03%), респираторно-синцитиальные вирусы (12,4%) и вирусы парагриппа 3 типа (11,09%). Вирусы SARS-CоV-2 составляли 6,6% случаев, вирусы A(H1N1) – 1,1% случаев. Были выявлены сезонные особенности выделения вирусов при фатальных пневмониях.Заключение. Летальный исход болезни при доказанной вирусологической этиологии пневмонии почти в половине случаев определяли вирусы SARS-CоV-2 и вирус гриппа A(H1N1).

Introduction. In recent years, the proportion of viral pathogens in the etiology of community-acquired pneumonia has increased. Identification of the causative agent in postmortem (autopsy) material may provide a more accurate etiological cause of fatal pneumonias.Aim. To analyze the species diversity of viral pathogens isolated from patients with fatal outcomes of community-acquired pneumonia, compared with the results of virological examination of respiratory samples from individuals with favorable disease outcomes.Materials and Methods. The analysis included protocols of virological examination of autopsy material (lung tissue) from 140 individuals who died from pneumonia in Khabarovsk in 2023. The comparison group consisted of data from virological examinations of patients with clinical manifestations of community-acquired pneumonia and favorable outcomes, in which 1136 DNA and RNA viral agents were identified. The search targeted detecting DNA/RNA of 11 respiratory viral pathogens and four viruses causing opportunistic diseases. The study was performed using polymerase chain reaction with reagents produced by domestic manufacturers.Results. DNA and RNA of respiratory viruses (10 types) were detected in autopsy material with a frequency of 46.43%. DNA of viruses causing opportunistic diseases (four types) was detected with a frequency of 27.14%. Clinical samples from patients with a favorable outcome more frequently contained rhinoviruses (25.6%), adenoviruses (13.03%), respiratory syncytial viruses (12.4%), and parainfluenza type 3 viruses (11.09%). In the spectrum of viruses isolated from clinical samples, rhinoviruses predominated (25.6%), followed by adenoviruses (13.03%), respiratory syncytial viruses (12.4%), and parainfluenza type 3 viruses (11.09%). SARS-CoV-2 viruses accounted for 6.6% of cases, and influenza A(H1N1) viruses for 1.1% of cases. Seasonal patterns in virus detection in fatal pneumonias were identified.Conclusion. In cases of pneumonia with virologically confirmed etiology, fatal outcomes were determined in nearly half of cases by SARS-CoV-2 and influenza A(H1N1) viruses.

внебольничная пневмонияэтиологиявидовое разнообразие вирусовсезонность выделенияаутопсияреспираторные образцыcommunity-acquired pneumoniaetiologyviral species diversityseasonal detection patternsautopsyrespiratory samplesReferencesХаритонов М.А., Салухов В.В., Крюков Е.В., Паценко М.Б., Рудаков Ю.В., Богомолов А.Б., Иванов В.В., Минаков А.А. Вирусные пневмонии: новый взгляд на старую проблему (обзор литературы) // Медицинский совет. 2021. №16. С.60–77. https://doi.org/10.21518/2079-701X-2021-16-60-77Kharitonov M.A., Salukhov V.V., Kryukov E.V., Patsenko M.B., Rudakov Yu.V., Bogomolov А.B., Ivanov V.V., Minakov A.A. [Viral pneumonia: a new look at an old problem (review)]. Meditsinskiy sovet = Medical Council 2021; (16):60–77 (in Russian). https://doi.org/10.21518/2079-701X-2021-16-60-77Яковенко О.Н., Кравченко Н. А. Особенности эпидемиологии внебольничных пневмоний // Сибирский медицинский журнал (Иркутск). 2014. №2. С.8–11. EDN: SFPJRF.Yakovenko, O. N. Kravchenko N.A. [Features of the epidemiology of community-acquired pneumonia]. Sibirskiy meditsinskiy zhurnal (Irkutsk) = Siberian Medical Journal (Irkutsk) 2014; 2:8–11 (in Russian).Круглякова Л.В., Нарышкина С.В., Одиреев А.Н. Современные аспекты внебольничной пневмонии // Бюллетень физиологии и патологии дыхания. 2019. Вып.71. С.120–134. https://doi.org/10.12737/article_5c89acc410e1f3.79881136Kruglyakova L.V., Naryshkina S.V., Odireev A.N. [Modern aspects of community-acquired pneumonia]. Bûlleten' fiziologii i patologii dyhaniâ = Bulletin Physiology and Pathology of Respiration 2019; (71):120–134 (in Russian). https://doi.org/10.12737/article_5c89acc410e1f3.79881136Орлова Е.Д., Бабаченко И.В., Тян Н.С., Козырев Е.А., Алексеева Л.А. Клинико-лабораторные особенности вирусных инфекций нижних дыхательных путей у детей // Журнал инфектологии. 2023. Т.15, №2. С.84–92. https://doi.org/10.22625/2072-6732-2023-15-2-84-92Orlova E.D., Babachenko I.V., Tian N.S., Kozyrev E.A., Alekseeva L.A. [Clinical and laboratory features of viral lower respiratory tract infections in children]. Jurnal infektologii = Journal Infectology 2023; 15(2):84–92 (in Russian). https://doi.org/10.22625/2072-6732-2023-15-2-84-92Febbo J., Revels J., Ketai L. Viral pneumonias // Radiol. Clin. North. Am. 2022. Vol.60, Iss.3, P.383–397. https://doi.org/10.1016/j.rcl.2022.01.010Febbo J., Revels J., Ketai L. Viral Pneumonias. Radiol. Clin. North. Am. 2022; 60(3):383–397. https://doi.org/10.1016/j.rcl.2022.01.010Reimann H.A. An acute infection of the respiratory tract with atypical pneumonia: a disease entity probably caused by a filtrable virus // JAMA. 1984. Vol.111, Iss.26. P.2377–2384.Reimann H.A. An acute infection of the respiratory tract with atypical pneumonia: a disease entity probably caused by a filtrable virus. JAMA 1984; 111(26):2377–2384.Минаков А.А., Вахлевский В.В., Волошин Н.И., Харитонов М.A., Салухов В.В., Тыренко В.В., Рудаков Ю.В., Вахлевская Е.Н., Алехина Е.В. Новый взгляд на этиологию и иммунологические аспекты пневмонии // Медицинский совет. 2023. №4, С.141–153. https://doi.org/10.21518/ms2023-056Minakov A.A., Vakhlevskii V.V., Voloshin N.I., Kharitonov M.A., Salukhov V.V., Tyrenko V.V., Rudakov Y.V., Vakhlevskaya E.N., Alekhina E.V. [Modern view on the etiology and immunological aspects of pneumonia]. Meditsinskiy sovet = Medical Council 2023; (4):141–153 (in Russian). https://doi.org/10.21518/ms2023-056Pagliano P., Sellitto C., Conti V., Ascione T., Esposito S. Characteristics of viral pneumonia in the COVID-19 era: an update // Infection. 2021. №29. P.1–10. https://doi.org/10.1007/s15010-021-01603-yPagliano P., Sellitto C., Conti V., Ascione T., Esposito S. Characteristics of viral pneumonia in the COVID-19 era: an update. Infection 2021; 29:1–10. https://doi.org/10.1007/s15010-021-01603-yЛаптева И.М. Особенности диагностики и лечения первичных вирусных, вторичных бактериальных и вирусно-бактериальных пневмоний при гриппе // Рецепт. 2009. №6(68). С.74–79. EDN: NURSCT.Lapteva I.M. [Features of diagnosis and treatment of primary viral, secondary bacterial and viral-bacterial pneumonia in influenza]. Retsept = Recipe 2009; 68(6):74–79 (in Russian).Cilla G., Oñate E., Perez-Yarza E.G., Montes M., Vicente D., Perez-Trallero E. Viruses in community-acquired pneumonia in children aged less than 3 years old: High rate of viral coinfection // J. Med. Virol. 2008. Vol.80, Iss.10. P.1843–1849. https://doi.org/10.1002/jmv.21271Cilla G., Oñate E., Perez-Yarza E.G., Montes M., Vicente D., Perez-Trallero E. Viruses in community-acquired pneumonia in children aged less than 3 years old: High rate of viral coinfection. J. Med. Virol. 2008; 80(10):1843–1849. https://doi.org/10.1002/jmv.21271do Carmo Debur M., Raboni S.M., Flizikowski F.B., Chong D.C., Persicote A.P., Nogueira M.B., Rosele L.V., de Almeida S.M., de Noronha L. Immunohistochemical assessment of respiratory viruses in necropsy samples from lethal non-pandemic seasonal respiratory infections // J. Clin. Pathol. 2010. Vol.63, Iss.10. P.930–934. https://doi.org/10.1136/jcp.2010.077867do Carmo Debur M., Raboni S.M., Flizikowski F.B., Chong D.C., Persicote A.P., Nogueira M.B., Rosele L.V., de Almeida S.M., de Noronha L. Immunohistochemical assessment of respiratory viruses in necropsy samples from lethal non-pandemic seasonal respiratory infections. J. Clin. Pathol. 2010; 63(10):930–934. https://doi.org/10.1136/jcp.2010.077867Егоров А.Ю. Проблема бактериальных осложнений при респираторных вирусных инфекциях // MIR Journal. 2018. Vol.5, Iss.1. P.1–11. https://doi.org/10.18527/2500-2236-2018-5-1-1-11Egorov A. [The problem of bacterial complications in respiratory viral infections]. MIR Journal 2018; 5(1):1–11 (in Russian). https://doi.org/10.18527/2500-2236-2018-5-1-1-11Charlson E.S., Bittinger K., Haas A.R., Fitzgerald A.S., Frank I., Yadav A., Bushman F.D., Collman R.G. Topographical continuity of bacterial populations in the healthy human respiratory tract // Am. J. Respir. Crit. Care. Med. 2011. Vol. 184, Iss. 8. P.957–963. https://doi.org/10.1164/rccm.201104-0655OC.14Charlson E.S., Bittinger K., Haas A.R., Fitzgerald A.S., Frank I., Yadav A., Bushman F.D., Collman R.G. Topographical continuity of bacterial populations in the healthy human respiratory tract. Am. J. Respir. Crit. Care Med. 2011; 184(8):957–963. https://doi.org/10.1164/rccm.201104-0655OC.14Yang X., Steukers L., Forier K., Xiong R., Braeckmans K., Van Reeth K., Nauwynck H. A beneficiary role for neuraminidase in influenza virus penetration the respiratory mucus // PLoS One. 2014. Vol.9, Iss.10. Article number:e110026. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0110026Yang X., Steukers L., Forier K., Xiong R., Braeckmans K., Van Reeth K., Nauwynck H. A beneficiary role for neuraminidase in influenza virus penetration the respiratory mucus. PLoS One 2014; 9(10):e110026. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0110026Bosch A.A., Biesbroek G., Trzcinski K., Sanders E.A., Bogaert D. Viral and bacterial interactions in the upper respiratory tract // PLoS Pathog. 2013. Vol.9, Iss.1. Article number:e1003057. https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1003057Bosch AA, Biesbroek G, Trzcinski K, Sanders EA, Bogaert D. Viral and bacterial interactions in the upper respiratory tract. PLoS Pathog. 2013; 9(1):e1003057. https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1003057Avadhanula V., Rodriguez C.A., Devincenzo J.P., Wang Y., Webby R.J., Ulett G.C., Adderson E.E. Respiratory viruses augment the adhesion of bacterial pathogens to respiratory epithelium in a viral species and cell type-dependent manner // J. Virol. 2006. Vol.80, Iss.4. P.1629–1636. https://doi.org/10.1128/JVI.80.4.1629-1636.2006Avadhanula V., Rodriguez C.A., Devincenzo J.P., Wang Y., Webby R.J., Ulett G.C., Adderson E.E. Respiratory viruses augment the adhesion of bacterial pathogens to respiratory epithelium in a viral species- and cell type-dependent manner. J. Virol. 2006; 80(4):1629–1636. https://doi.org/10.1128/JVI.80.4.1629-1636.2006Li N., Ren A., Wang X., Fan X., Zhao Y., Gao G.F., Cleary P., Wang B. Influenza viral neuraminidase primes bacterial coinfection through TGF-beta-mediated expression of host cell receptors // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2015. Vol.112, Iss.1. P.238–243. https://doi.org/10.1073/pnas.1414422112Li N., Ren A., Wang X., Fan X., Zhao Y., Gao G.F., Cleary P., Wang B. Influenza viral neuraminidase primes bacterial coinfection through TGF-beta-mediated expression of host cell receptors. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2015; 112(1):238–243. https://doi.org/10.1073/pnas.1414422112Carson J.L., Collier A.M., Hu S.S. Acquired ciliary defects in nasal epithelium of children with acute viral upper respiratory infections // N. Engl. J. Med. 1985. Vol.312, Iss.8. P.463–468. https://doi.org/10.1056/NEJM198502213120802Carson J.L., Collier A.M., Hu S.S. Acquired ciliary defects in nasal epithelium of children with acute viral upper respiratory infections. N. Engl. J. Med. 1985; 312(8):463–468. https://doi.org/10.1056/NEJM198502213120802Pittet L.A., Hall-Stoodley L., Rutkowski M.R., Harmsen A.G. Influenza virus infection decreases tracheal mucociliary velocity and clearance of Streptococcus pneumonia // Am. J. Respir. Cell Mol. Biol. 2010. Vol.42, Iss.4. P.450–460. https://doi.org/10.1165/rcmb.2007-0417OCPittet L.A., Hall-Stoodley L., Rutkowski M.R., Harmsen A.G. Influenza virus infection decreases tracheal mucociliary velocity and clearance of Streptococcus pneumoniae. Am. J. Respir. Cell Mol. Biol. 2010; 42(4):450–460. https://doi.org/10.1165/rcmb.2007-0417OCSun K., Metzger D.W. Inhibition of pulmonary antibacterial defense by interferon-gamma during recovery from influenza infection // Nat. Med. 2008. Vol.14, Iss.5. P.558–564. https://doi.org/10.1038/nm1765Sun K., Metzger D.W. Inhibition of pulmonary antibacterial defense by interferon-gamma during recovery from influenza infection. Nat. Med. 2008; 14(5):558–564. https://doi.org/10.1038/nm1765Astry C.L., Jakab G.J. Influenza virus-induced immune complexes suppress alveolar macrophage phagocytosis // J. V irol. 1984. Vol.50, Iss.2. P.287–292. https://doi.org/10.1128/JVI.50.2.287-292.1984Astry C.L., Jakab G.J. Influenza virus-induced immune complexes suppress alveolar macrophage phagocytosis. J. Virol. 1984; 50(2):287–292. https://doi.org/10.1128/JVI.50.2.287-292.1984

The authors declare that there are no conflicts of interest present.