cfpdБюллетень физиологии и патологии дыханияBulletin Physiology and Pathology of Respiration1998-5029Дальневосточный научный центр физиологии и патологии дыхания10.36604/1998-5029-2021-82-21-27cfpd-977Research ArticleОРИГИНАЛЬНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯORIGINAL RESEARCHМониторинг респираторных вирусов у больных внебольничными пневмониями в период пандемии COVID-19 в г. Хабаровске в 2020 годуRespiratory virus monitoring in patients with community-acquired pneumonia during COVID-19 pandemic in Khabarovsk in 2020https://orcid.org/0000-0002-7238-3691БутаковаЛ. В.ButakovaL. V.

Людмила Васильевна Бутакова, научный сотрудник, Дальневосточный региональный научно-методический центр по изучению энтеровирусных инфекций,

680610, г. Хабаровск, ул. Шевченко, 2

Lyudmila V. Butakova, Staff Scientist, Far Eastern Regional Scientific and Methodological Center for the Study of Enterovirus Infections

Shevchenko Str., Khabarovsk, 680610

evi.khv@mail.ruСапегаЕ. Ю.SapegaE. Yu.

Елена Юрьевна Сапега, канд. мед. наук, руководитель Дальневосточного регионального научно-методического центра по изучению энтеровирусных инфекций

680610, г. Хабаровск, ул. Шевченко, 2

Elena Yu. Sapega, MD, PhD (Med.), Head of the Far Eastern Regional Scientific and Methodological Center for the Study of Enterovirus Infections

Shevchenko Str., Khabarovsk, 680610

https://orcid.org/0000-0003-4438-6913ТроценкоО. Е.TrotsenkoO. E.

Ольга Евгеньевна Троценко, д-р мед. наук, директор

680610, г. Хабаровск, ул. Шевченко, 2

 

Olga E. Trotsenko, MD, PhD, DSc (Med.), Director

Shevchenko Str., Khabarovsk, 680610

evi.khv@mail.ruБалахонцеваЛ. А.BalakhontsevaL. A.

Людмила Анатольевна Балахонцева, руководитель Дальневосточного окружного центра по профилактике и борьбе со СПИДом

680610, г. Хабаровск, ул. Шевченко, 2

Lyudmila A. Balakhontseva, Head of the Far Eastern Regional Centerfor Prevention and Combat Against AIDS

Shevchenko Str., Khabarovsk, 680610

dvaids@mail.ruПрисяжнюкЕ. Н.PrisyazhnyukE. N.

Елена Николаевна Присяжнюк, заместитель главного врача по эпидемиологическим вопросам

680013, г. Хабаровск, ул. Владивостокская, 9

Elena N. Prisyazhnyuk, MD, Deputy Chief Physician for EpidemiologicalIssues

9 Vladivostokskaya Str., Khabarovsk, 680013

fbuz@27.khv.ruСавосинаЛ. В.SavosinaL. V.

Лариса Владимировна Савосина, врач-вирусолог

680013, г. Хабаровск, ул. Владивостокская, 9

Larisa V. Savosina, MD, Virologist

9 Vladivostokskaya Str., Khabarovsk, 680013

khvvir@gmail.comФедеральное бюджетное учреждение науки «Хабаровский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии» Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человекаРоссияKhabarovsk Research Institute of Epidemiology and Microbiology of Federal Service for Surveillance on Consumer Rights Protection and Human Wellbeing (Rospotrebnadzor)Russian FederationФедеральное бюджетное учреждение здравоохранения «Центр гигиены и эпидемиологии в Хабаровском крае» Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человекаРоссияHygienic and Epidemiological Center of Rospotrebnadzor in Khabarovsk Krai of Federal Service for Surveillance on Consumer Rights Protection and Human Wellbeing (Rospotrebnadzor)Russian Federation2021221220210822127Copyright © Бутакова Л.В., Сапега Е.Ю., Троценко О.Е., Балахонцева Л.А., Присяжнюк Е.Н., Савосина Л.В., 20212021Бутакова Л.В., Сапега Е.Ю., Троценко О.Е., Балахонцева Л.А., Присяжнюк Е.Н., Савосина Л.В.Butakova L.V., Sapega E.Y., Trotsenko O.E., Balakhontseva L.A., Prisyazhnyuk E.N., Savosina L.V.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://cfpd.elpub.ru/jour/article/view/977

Введение. Появление и распространение нового коронавируса SARS-CoV-2 среди населения Хабаровского края повлияло на рост зарегистрированных случаев внебольничных пневмоний в 2020 году. Цель. Установить долю других респираторных вирусов в развитии вирусных пневмоний в г. Хабаровске в 2020 году в период пандемии COVID-19. Материалы и методы. Материалом для исследования послужила мокрота от 346 пациентов с внебольничной пневмонией, госпитализированных с подозрением на COVID-19 в г. Хабаровске в 2020 году. Идентификацию вирусных агентов проводили методом полимеразной цепной реакции. Результаты. Из 346 обследованных пациентов с внебольничной пневмонией РНК SARS-CoV-2 в мокроте обнаружена у 183 человек (52,9%). Другие респираторные вирусы, среди которых преобладали вирус парагриппа 3 типа и риновирусы, выявлены преимущественно у SARS-CoV-2-негативных лиц, при этом удельный вес этиологически расшифрованных случаев в этой группе обследованных пациентов (163 человека) составил только 12,9%. Коинфицирование SARS-CoV-2 и другими респираторными вирусами, такими как вирус парагриппа 3 типа, другие коронавирусы и аденовирус, отмечено лишь в 2,2% случаев. Заключение. Низкий уровень обнаружения респираторных вирусов в мокроте может быть связан как с нарушением техники сбора биологического материала в стационаре, условий его хранения и транспортировки, так и с тем, что развитие пневмонии у отдельных пациентов вероятно обусловлено вторичной бактериальной инфекцией. Чтобы оценить влияние других респираторных вирусов на течение COVID-19 при коинфицировании требуется дальнейшее изучение в сопоставлении с клиническими данными пациентов. 

Introduction. Emergence and spread of new coronavirus SARS-CoV-2 among population of the Khabarovsk krai influenced the growth of reported cases of community-acquired pneumonia in year 2020. Aim. To determine proportion of other respiratory viruses in development of viral pneumonia epidemic process in the Khabarovsk city in year 2020 during COVID-19 pandemic. Materials and methods. Sputum of 346 patients with community-acquired pneumonia that were hospitalized with suspected diagnosis of COVID-19 was analyzed during year 2020 in Khabarovsk city. Identification of viral agents was performed via real-time reverse-transcriptase polymerase chain reaction. Results. SARSCOV-2 RNA was identified in 183 (52.9%) out of 346 patients. Among other respiratory viruses parainfluenza virus type 3 and rhinoviruses were dominant mostly in SARS-CoV-2 negative examined people. It should be noted that etiology of pneumonia was identified only in 12.9% of all cases in this group (163 people). Co-infection with SARS-CoV-2 and other respiratory viruses such as parainfluenza virus type 3 virus, other coronaviruses and adenovirus was detected only in 2.2% of the cases. Conclusion. Low level of respiratory viruses detection in sputum can be caused by poor technique of sample collection in the hospital, disruption of storage and transportation conditions as well as development of secondary bacterial infection in certain patients. In order to evaluate influence of other respiratory viruses on the course of COVID-19 with underlying coinfection further investigation including analysis of patients’ clinical data is needed.

внебольничная пневмонияострые респираторные заболеванияреспираторные вирусыCOVID-19SARS-CoV-2коинфекцияcommunity-acquired pneumoniaacute respiratory diseasesrespiratory virusesCOVID-19SARS-CoV-2coinfectionReferencesRemuzzi A., Remuzzi G. COVID-19 and Italy: what next? // Lancet. 2020. Vol.395, Iss.10231. P.1225–1228. https://doi.org/10.1016/S0140-6736(20)30627-9Remuzzi A., Remuzzi G. COVID-19 and Italy: what next? // Lancet. 2020. Vol.395, Iss.10231. P.1225–1228. https://doi.org/10.1016/S0140-6736(20)30627-9Goumenou M., Sarigiannis D., Tsatsakis A., Anesti O., Docea AO., Petrakis D., Tsoukalas D., Kostoff R., Rakitskii V., Spandidos D.A., Aschner M., Calina D. COVID-19 in Northern Italy: An integrative overview of factors possibly influencing the sharp increase of the outbreak // Mol. Med. Rep. 2020. Vol.22, Iss.1. P.20–32. https://doi.org/10.3892/mmr.2020.11079Goumenou M., Sarigiannis D., Tsatsakis A., Anesti O., Docea AO., Petrakis D., Tsoukalas D., Kostoff R., Rakitskii V., Spandidos D.A., Aschner M., Calina D. COVID-19 in Northern Italy: An integrative overview of factors possibly influencing the sharp increase of the outbreak // Mol. Med. Rep. 2020. Vol.22, Iss.1. P.20–32. https://doi.org/10.3892/mmr.2020.11079Kordzadeh-Kermani E., Khalili H., Karimzadeh I. Pathogenesis, clinical manifestations and complications of coronavirus disease 2019 (COVID-19) // Future Microbiol. 2020. Vol.15, Iss.3. P.1287–1305. https://doi.org/10.2217/fmb2020-0110Kordzadeh-Kermani E., Khalili H., Karimzadeh I. Pathogenesis, clinical manifestations and complications of coronavirus disease 2019 (COVID-19) // Future Microbiol. 2020. Vol.15, Iss.3. P.1287–1305. https://doi.org/10.2217/fmb2020-0110Krishnan A., Hamilton J.P., Alqahtani S.A., Woreta T.A. A narrative review of coronavirus disease 2019 (COVID19): clinical, epidemiological characteristics, and systemic manifestations // Intern. Emerg. Med. 2021. Vol.16, Iss.4. P.815–830. https://doi.org/10.1007/s11739-020-02616-5Krishnan A., Hamilton J.P., Alqahtani S.A., Woreta T.A. A narrative review of coronavirus disease 2019 (COVID19): clinical, epidemiological characteristics, and systemic manifestations // Intern. Emerg. Med. 2021. Vol.16, Iss.4. P.815–830. https://doi.org/10.1007/s11739-020-02616-5Hodinka R.L. Respiratory RNA Viruses // Microbiol. Spectr. 2016. Vol.4, Iss.4. https://doi.org/10.1128/microbiolspec.DMIH2-0028-2016Hodinka R.L. Respiratory RNA Viruses // Microbiol. Spectr. 2016. Vol.4, Iss.4. https://doi.org/10.1128/microbiolspec.DMIH2-0028-2016Ruuskanen O., Lahti E., Jennings L.C., Murdoch D.R. Viral pneumonia // Lancet. 2011. Vol.377, Iss.9773. P.1264–1275. https://doi.org/10.1016/S0140-6736(10)61459-6Ruuskanen O., Lahti E., Jennings L.C., Murdoch D.R. Viral pneumonia // Lancet. 2011. Vol.377, Iss.9773. P.1264–1275. https://doi.org/10.1016/S0140-6736(10)61459-6Lansbury L., Lim B., Baskaran V., Lim WS. Co-infections in people with COVID-19: a systematic review and metaanalysis // J. Infect. 2020. Vol.81, Iss.2. P.266–275. https://doi.org/10.1016/j.jinf.2020.05.046Lansbury L., Lim B., Baskaran V., Lim WS. Co-infections in people with COVID-19: a systematic review and metaanalysis // J. Infect. 2020. Vol.81, Iss.2. P.266–275. https://doi.org/10.1016/j.jinf.2020.05.046Burrel S., Hausfater P., Dres M., Pourcher V., Luyt CE., Teyssou E., Soulié C., Calvez V., Marcelin A.G., Boutolleau D. Co-infection of SARS-CoV-2 with other respiratory viruses and performance of lower respiratory tract samples for the diagnosis of COVID-19 // Int. J. Infect. Dis. 2021. Vol.102. P.10–13. https://doi.org/10.1016/j.ijid.2020.10.040Burrel S., Hausfater P., Dres M., Pourcher V., Luyt CE., Teyssou E., Soulié C., Calvez V., Marcelin A.G., Boutolleau D. Co-infection of SARS-CoV-2 with other respiratory viruses and performance of lower respiratory tract samples for the diagnosis of COVID-19 // Int. J. Infect. Dis. 2021. Vol.102. P.10–13. https://doi.org/10.1016/j.ijid.2020.10.040Kim D., Quinn J., Pinsky B., Shah NH., Brown I. Rates of co-infection between SARS-CoV-2 and other respiratory pathogens // JAMA. 2020. Vol.323, Iss.20. P.2085–2086. https://doi.org/10.1001/jama.2020.6266Kim D., Quinn J., Pinsky B., Shah NH., Brown I. Rates of co-infection between SARS-CoV-2 and other respiratory pathogens // JAMA. 2020. Vol.323, Iss.20. P.2085–2086. https://doi.org/10.1001/jama.2020.6266Sharov K.S. SARS-CoV-2-related pneumonia cases in pneumonia picture in Russia in March-May 2020: Secondary bacterial pneumonia and viral co-infections // J. Glob. Health. 2020. Vol.10, Iss.2. Article number: 020504. https://doi.org/10.7189/jogh.10.-020504Sharov K.S. SARS-CoV-2-related pneumonia cases in pneumonia picture in Russia in March-May 2020: Secondary bacterial pneumonia and viral co-infections // J. Glob. Health. 2020. Vol.10, Iss.2. Article number: 020504. https://doi.org/10.7189/jogh.10.-020504Richardson S., Hirsch JS., Narasimhan M., Crawford J.M., McGinn T., Davidson K.W., Barnaby D.P., Becker L.B., Chelico J.D., Cohen S.L., Cookingham J., Coppa K., Diefenbach M.A., Dominello A.J., Duer-Hefele J., Falzon L., Gitlin J., Hajizadeh N., Harvin T.G., Hirschwerk D.A., Kim E.J., Kozel Z.M., Marrast L.M., Mogavero J.N., Osorio G.A., Qiu M., Zanos T.P. Presenting Characteristics, Comorbidities, and Outcomes Among 5700 Patients Hospitalized With COVID19 in the New York City Area // JAMA. 2020. Vol.323, Iss.20. P.2052–2059. https://doi.org/10.1001/jama.2020.6775Richardson S., Hirsch JS., Narasimhan M., Crawford J.M., McGinn T., Davidson K.W., Barnaby D.P., Becker L.B., Chelico J.D., Cohen S.L., Cookingham J., Coppa K., Diefenbach M.A., Dominello A.J., Duer-Hefele J., Falzon L., Gitlin J., Hajizadeh N., Harvin T.G., Hirschwerk D.A., Kim E.J., Kozel Z.M., Marrast L.M., Mogavero J.N., Osorio G.A., Qiu M., Zanos T.P. Presenting Characteristics, Comorbidities, and Outcomes Among 5700 Patients Hospitalized With COVID19 in the New York City Area // JAMA. 2020. Vol.323, Iss.20. P.2052–2059. https://doi.org/10.1001/jama.2020.6775Peci A., Tran V., Guthrie J.L., Li Y., Nelson P., Schwartz K.L., Eshaghi A., Buchan S.A., Gubbay J.B. Prevalence of Co-Infections with Respiratory Viruses in Individuals Investigated for SARS-CoV-2 in Ontario, Canada // Viruses. 2021. Vol.13, Iss.1. Article number: 130. https://doi.org/10.3390/v13010130Peci A., Tran V., Guthrie J.L., Li Y., Nelson P., Schwartz K.L., Eshaghi A., Buchan S.A., Gubbay J.B. Prevalence of Co-Infections with Respiratory Viruses in Individuals Investigated for SARS-CoV-2 in Ontario, Canada // Viruses. 2021. Vol.13, Iss.1. Article number: 130. https://doi.org/10.3390/v13010130Joseph C., Togawa Y., Shindo N. Bacterial and viral infections associated with influenza // Influenza Other Respir. Viruses. 2013. Vol.7, Suppl. 2. P.105–113. https://doi.org/10.1111/irv.12089Joseph C., Togawa Y., Shindo N. Bacterial and viral infections associated with influenza // Influenza Other Respir. Viruses. 2013. Vol.7, Suppl. 2. P.105–113. https://doi.org/10.1111/irv.12089Schweitzer K.S., Crue T., Nall J.M., Foster D., Sajuthi S., Correll K.A., Nakamura M., Everman J.L., Downey G.P., Seibold M.A., Bridges J.P., Serban K.A., Chu H.W., Petrache I. Influenza virus infection increases ACE2 expression and shedding in human small airway epithelial cells // Eur. Respir. J. 2021. Vol.58, Iss.1. Article number: 2003988. https://doi.org/10.1183/13993003.03988-2020Schweitzer K.S., Crue T., Nall J.M., Foster D., Sajuthi S., Correll K.A., Nakamura M., Everman J.L., Downey G.P., Seibold M.A., Bridges J.P., Serban K.A., Chu H.W., Petrache I. Influenza virus infection increases ACE2 expression and shedding in human small airway epithelial cells // Eur. Respir. J. 2021. Vol.58, Iss.1. Article number: 2003988. https://doi.org/10.1183/13993003.03988-2020Cheng Y., Ma J., Wang H., Wang X., Hu Z., Li H., Zhang H., Liu X. Co‐infection of influenza A virus and SARS‐CoV‐2: A retrospective cohort study // J. Med. Virol. 2021. Vol.93, Iss.5. P.2947–2954. https://doi.org/10.1002/jmv.26817Cheng Y., Ma J., Wang H., Wang X., Hu Z., Li H., Zhang H., Liu X. Co‐infection of influenza A virus and SARS‐CoV‐2: A retrospective cohort study // J. Med. Virol. 2021. Vol.93, Iss.5. P.2947–2954. https://doi.org/10.1002/jmv.26817Pinky L., Dobrovolny HM. Coinfections of the Respiratory Tract: Viral Competition for Resources // PLoS One. 2016. Vol.11, Iss.5. Article number: e0155589. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0155589Pinky L., Dobrovolny HM. Coinfections of the Respiratory Tract: Viral Competition for Resources // PLoS One. 2016. Vol.11, Iss.5. Article number: e0155589. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0155589Pinky L., Dobrovolny H.M. SARS-CoV-2 coinfections: Could influenza and the common cold be beneficial? // J. Med. Virol. 2020. Vol.92, Iss.11. P.2623–2630. https://doi.org/10.1002/jmv.26098Pinky L., Dobrovolny H.M. SARS-CoV-2 coinfections: Could influenza and the common cold be beneficial? // J. Med. Virol. 2020. Vol.92, Iss.11. P.2623–2630. https://doi.org/10.1002/jmv.26098

The authors declare that there are no conflicts of interest present.