Разработка ПЦР тест-систем для генотипирования однонуклеотидных полиморфизмов в генах врожденного иммунитета и воспалительного ответа

Введение. Определение однонуклеотидных полиморфизмов (ОНП) генов иммунной системы с последующим анализом ассоциативных взаимосвязей с отдельными симптомами, синдромами и заболеваниями является одним из важных направлений в области медицинской генетики.
Цель. Разработать ПЦР тест-системы для генотипирования некоторых ОНП генов врожденного иммунитета и воспалительного ответа (TLR1, TLR4, MBL2, PELI1, IL1B, IL6, IL10, TNF, IFNG).
Материалы и методы. Для отбора полиморфизмов использовались открытые базы данных PubMed, HapMap и RegulomeDB, а также программа для ЭВМ собственной разработки. Дизайн праймеров и зондов для анализа плавления ампликонов в высоком разрешении (HRM) и асимметричной (LATE) ПЦР с анализом плавления зондов типа «молекулярные маяки» осуществлялся в программном пакете Vector NTI 11.0. Материал для генотпирования – ДНК, выделенная из периферической крови 48 матерей с хроническими герпес-вирусными инфекциями и пуповинной крови их новорожденных детей.
Результаты. Были отобраны двадцать ОНП таргетных генов, подобраны олигонуклеотидные последовательности и условия ПЦР для их генотипирования. Заключение. Разработанные ПЦР тест-системы позволяют генотипировать некоторые ОНП генов TLR1, TLR4, MBL2, PELI1, IL1B, IL6, IL10, TNF, IFNG с целью дальнейшего поиска ассоциативных взаимосвязей с течением и исходами беременностей у женщин с хроническими герпес-вирусными инфекциями, а также наличием патологий развития их новорожденных детей.

1. Rice M., Nicol A., Nuovo G.J. The differential expression of toll like receptors and RIG-1 in the placenta of neonates with in utero infections // Ann. Diagn. Pathol. 2023. Vol.62. Article number:152080. https://doi.org/10.1016/j.anndiagpath.2022.152080

2. Yockey L.J., Iwasaki A. Interferons and proinflammatory cytokines in pregnancy and fetal development // Immunity. 2018. Vol.49, Iss.3. P.397–412. https://doi.org/10.1016/j.immuni.2018.07.017

3. Jedlińska-Pijanowska D., Kasztelewicz B., Czech-Kowalska J., Jaworski M., Charusta-Sienkiewicz K., Dobrzańska A. Association between single nucleotide polymorphisms (SNPs) of IL1, IL12, IL28 and TLR4 and symptoms of congenital cytomegalovirus infection // PLoS One. 2020. Vol.15, Iss5. Article number:e0233096. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0233096

4. Erali M., Voelkerding K.V., Wittwer C.T. High resolution melting applications for clinical laboratory medicine // Exp. Mol. Pathol. 2008. Vol. 85, Iss.1. P.50–88. https://doi.org/10.1016/j.yexmp.2008.03.012

5. Wittwer C.T., Hemmert A.C., Kent J.O., Rejali N.A. DNA melting analysis // Mol. Aspects Med. 2024. Vol.97. Article number:101268. https://doi.org/10.1016/j.mam.2024.101268

6. Sanchez J.A., Pierce K.E., Rice J.E., Wangh L.J. Linear-after-the-exponential (LATE)-PCR: an advanced method of asymmetric PCR and its uses in quantitative real-time // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2004. Vol.101, Iss.7. P.1933–1938. https://doi.org/10.1073/pnas.0305476101

7. Sanchez J.A., Abramowitz J.D., Salk J.J., Reis A.H.Jr, Rice J.E., Pierce K.E., Wangh L.J. Two-temperature LATEPCR endpoint genotyping // BMC Biotechnol. 2006. Vol.6. Article number:44. https://doi.org/10.1186/1472-6750-6-44

8. Программа автоматизированного извлечения и анализа структурированных данных с веб-ресурсов нуклеотидных последовательностей ДНК и РНК легких: пат. 2024684061 RU / авторы и заявители А.В. Конев, Д.Е. Наумов, Д.А. Гассан, К.А. Дробяскина, Я.Г. Горчакова, И.Ю. Сугайло, О.О. Котова; патентообладатель Федеральное государственное бюджетное научное учреждение «Дальневосточный научный центр физиологии и патологии дыхан ия»; заявл. 25.09.2024; опубл. 14.10.2024. EDN: WWGYZY.