Мониторинг респираторных вирусов у больных внебольничными пневмониями в период пандемии COVID-19 в г. Хабаровске в 2020 году

Введение. Появление и распространение нового коронавируса SARS-CoV-2 среди населения Хабаровского края повлияло на рост зарегистрированных случаев внебольничных пневмоний в 2020 году. 
Цель. Установить долю других респираторных вирусов в развитии вирусных пневмоний в г. Хабаровске в 2020 году в период пандемии COVID-19. 
Материалы и методы. Материалом для исследования послужила мокрота от 346 пациентов с внебольничной пневмонией, госпитализированных с подозрением на COVID-19 в г. Хабаровске в 2020 году. Идентификацию вирусных агентов проводили методом полимеразной цепной реакции. 
Результаты. Из 346 обследованных пациентов с внебольничной пневмонией РНК SARS-CoV-2 в мокроте обнаружена у 183 человек (52,9%). Другие респираторные вирусы, среди которых преобладали вирус парагриппа 3 типа и риновирусы, выявлены преимущественно у SARS-CoV-2-негативных лиц, при этом удельный вес этиологически расшифрованных случаев в этой группе обследованных пациентов (163 человека) составил только 12,9%. Коинфицирование SARS-CoV-2 и другими респираторными вирусами, такими как вирус парагриппа 3 типа, другие коронавирусы и аденовирус, отмечено лишь в 2,2% случаев. 
Заключение. Низкий уровень обнаружения респираторных вирусов в мокроте может быть связан как с нарушением техники сбора биологического материала в стационаре, условий его хранения и транспортировки, так и с тем, что развитие пневмонии у отдельных пациентов вероятно обусловлено вторичной бактериальной инфекцией. Чтобы оценить влияние других респираторных вирусов на течение COVID-19 при коинфицировании требуется дальнейшее изучение в сопоставлении с клиническими данными пациентов. 

1. Remuzzi A., Remuzzi G. COVID-19 and Italy: what next? // Lancet. 2020. Vol.395, Iss.10231. P.1225-1228. https://doi.org/10.1016/S0140-6736(20)30627-9

2. Goumenou M., Sarigiannis D., Tsatsakis A., Anesti O., Docea AO., Petrakis D., Tsoukalas D., Kostoff R., Rakitskii V., Spandidos D.A., Aschner M., Calina D. COVID-19 in Northern Italy: An integrative overview of factors possibly influencing the sharp increase of the outbreak // Mol. Med. Rep. 2020. Vol.22, Iss.1. P.20-32. https://doi.org/10.3892/mmr.2020.11079

3. Kordzadeh-Kermani E., Khalili H., Karimzadeh I. Pathogenesis, clinical manifestations and complications of coronavirus disease 2019 (COVID-19) // Future Microbiol. 2020. Vol.15, Iss.3. P.1287-1305. https://doi.org/10.2217/fmb2020-0110

4. Krishnan A., Hamilton J.P., Alqahtani S.A., Woreta T.A. A narrative review of coronavirus disease 2019 (COVID19): clinical, epidemiological characteristics, and systemic manifestations // Intern. Emerg. Med. 2021. Vol.16, Iss.4. P.815-830. https://doi.org/10.1007/s11739-020-02616-5

5. Hodinka R.L. Respiratory RNA Viruses // Microbiol. Spectr. 2016. Vol.4, Iss.4. https://doi.org/10.1128/microbiolspec.DMIH2-0028-2016

6. Ruuskanen O., Lahti E., Jennings L.C., Murdoch D.R. Viral pneumonia // Lancet. 2011. Vol.377, Iss.9773. P.1264-1275. https://doi.org/10.1016/S0140-6736(10)61459-6

7. Lansbury L., Lim B., Baskaran V., Lim WS. Co-infections in people with COVID-19: a systematic review and metaanalysis // J. Infect. 2020. Vol.81, Iss.2. P.266-275. https://doi.org/10.1016/j.jinf.2020.05.046

8. Burrel S., Hausfater P., Dres M., Pourcher V., Luyt CE., Teyssou E., Soulié C., Calvez V., Marcelin A.G., Boutolleau D. Co-infection of SARS-CoV-2 with other respiratory viruses and performance of lower respiratory tract samples for the diagnosis of COVID-19 // Int. J. Infect. Dis. 2021. Vol.102. P.10-13. https://doi.org/10.1016/j.ijid.2020.10.040

9. Kim D., Quinn J., Pinsky B., Shah NH., Brown I. Rates of co-infection between SARS-CoV-2 and other respiratory pathogens // JAMA. 2020. Vol.323, Iss.20. P.2085-2086. https://doi.org/10.1001/jama.2020.6266

10. Sharov K.S. SARS-CoV-2-related pneumonia cases in pneumonia picture in Russia in March-May 2020: Secondary bacterial pneumonia and viral co-infections // J. Glob. Health. 2020. Vol.10, Iss.2. Article number: 020504. https://doi.org/10.7189/jogh.10.-020504

11. Richardson S., Hirsch JS., Narasimhan M., Crawford J.M., McGinn T., Davidson K.W., Barnaby D.P., Becker L.B., Chelico J.D., Cohen S.L., Cookingham J., Coppa K., Diefenbach M.A., Dominello A.J., Duer-Hefele J., Falzon L., Gitlin J., Hajizadeh N., Harvin T.G., Hirschwerk D.A., Kim E.J., Kozel Z.M., Marrast L.M., Mogavero J.N., Osorio G.A., Qiu M., Zanos T.P. Presenting Characteristics, Comorbidities, and Outcomes Among 5700 Patients Hospitalized With COVID19 in the New York City Area // JAMA. 2020. Vol.323, Iss.20. P.2052-2059. https://doi.org/10.1001/jama.2020.6775

12. Peci A., Tran V., Guthrie J.L., Li Y., Nelson P., Schwartz K.L., Eshaghi A., Buchan S.A., Gubbay J.B. Prevalence of Co-Infections with Respiratory Viruses in Individuals Investigated for SARS-CoV-2 in Ontario, Canada // Viruses. 2021. Vol.13, Iss.1. Article number: 130. https://doi.org/10.3390/v13010130

13. Joseph C., Togawa Y., Shindo N. Bacterial and viral infections associated with influenza // Influenza Other Respir. Viruses. 2013. Vol.7, Suppl. 2. P.105-113. https://doi.org/10.1111/irv.12089

14. Schweitzer K.S., Crue T., Nall J.M., Foster D., Sajuthi S., Correll K.A., Nakamura M., Everman J.L., Downey G.P., Seibold M.A., Bridges J.P., Serban K.A., Chu H.W., Petrache I. Influenza virus infection increases ACE2 expression and shedding in human small airway epithelial cells // Eur. Respir. J. 2021. Vol.58, Iss.1. Article number: 2003988. https://doi.org/10.1183/13993003.03988-2020

15. Cheng Y., Ma J., Wang H., Wang X., Hu Z., Li H., Zhang H., Liu X. Co‐infection of influenza A virus and SARS‐CoV‐2: A retrospective cohort study // J. Med. Virol. 2021. Vol.93, Iss.5. P.2947-2954. https://doi.org/10.1002/jmv.26817

16. Pinky L., Dobrovolny HM. Coinfections of the Respiratory Tract: Viral Competition for Resources // PLoS One. 2016. Vol.11, Iss.5. Article number: e0155589. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0155589

17. Pinky L., Dobrovolny H.M. SARS-CoV-2 coinfections: Could influenza and the common cold be beneficial? // J. Med. Virol. 2020. Vol.92, Iss.11. P.2623-2630. https://doi.org/10.1002/jmv.26098